Nilperi Şahinkaya, 23 Şubat 1988'de Senegal'de doğmuştur. Diplomat olan babası Salim Levent Şahinkaya'nın görevi nedeniyle Senegal'de dünyaya gelen Nilperi Şahinkaya, ilkokulu Paris'te, ortaokulu ise Bern'de tamamlamıştır. 2003 yılında Ankara'ya yerleşen Şahinkaya, 2006'da Charles de Gaulle Fransız Lisesi'nden mezun olmuş ve 2006-2010 yılları arasında Bilkent Üniversitesi Müzik ve Sahne Sanatları Fakültesi'nde eğitim görmüştür. Okul yıllarında Deniz Yıldızı adlı dizide rol almıştır ve üniversiteden yüksek şeref listesine girerek mezun olmuştur.
2010'un Haziran ayında Öyle Bir Geçer Zaman Ki dizisine seçilerek İstanbul'a yerleşmiş ve Mesude karakterini canlandırmıştır. Ardından Kayıp dizisinde Defne ve Sedef karakterlerini oynamıştır. Kiraz Mevsimi adlı dizide başrollerden biri olan Şeyma karakteri ile N'olur Ayrılalım adlı dizide başrollerden olan Temmuz Akıncı karakterini canlandırmıştır.
Ayrıca, Hira Tekindor'un yönetmenliğini üstlendiği Kim Korkar Hain Kurttan oyununda Honey karakteriyle sahne almıştır. 2017 yılında Bu Şehir Arkandan Gelecek dizisinde Aslı karakterini canlandırmıştır. İnternette yayınlanan Aynen Aynen dizisinde de önemli roller üstlenmiştir.
Yasak Elma dizisinde Cansu Yıldırım karakterini canlandırmıştır. Nilperi Şahinkaya, İngilizce, Türkçe, Fransızca, Almanca ve İtalyanca dillerini çok iyi düzeyde bilmektedir.
